راجع به وضعيت اوقاف ايران در سده‌هاي اوليه بعد از اسلام، اطلاعات گويايي وجود ندارد و معلوم نيست كه در اين دوران موقوفات به صورت مستقل و از طريق متولي اداره مي‌شده، يا اينكه دولتها هم در آن دخالت داشته‌اند. طبق اسناد تاريخي موجود، در ايران «ديوان اوقاف» در نيمه دوم قرن چهارم هجري به وجود آمده و با تأسيس آن، دولتها كاملاً در مسائل
وقف دخالت كرده‌اند. حتي قسمت مهمي از مخارج دولتها از درآمد همين اوقاف تأمين شده است.
در دوران سلجوقيان و مخصوصاً در زمان سلطنت آلب ارسلان و ملكشاه كه خواجه نظام الملك وزارت آنها را برعهده داشت، موقوفات زيادي به خصوص در احداث مدارس «نظاميه‌ها» وجود داشت، طوري كه جمع موقوفات اين مدارس به شصت هزار دينار مي‌رسيد.
در مقدمه تاريخ كرمان آمده:
مردم براي اينكه، حكام به املاك شخصي آنها دست درازي نكنند، فكر تازه‌اي كردند و بيشتر املاك خود را
وقف كردند؛ بدين اميد كه شايد با اين عنوان و پشتيباني خاندان رسالت، حكام جرأت تصرف املاك آنها را نداشته باشند، هر چند كه اين تدبير هم گاهي مؤثر نبود و حتي املاك وقفي هم از چنگال بيرحمانه حكام بدور نمي‌ماند.
در دوره ايلخانان مغول، ابتدا بسياري از املاك و زمينهاي وقفي به دست ايلخانان بت پرست تصرف شد. موقوفات از پرداخت ماليات معاف بوده و چيزي به ديوان نمي‌پرداختند و حق وصول همه حقوق ديوان به متوليان موقوفه منتقل مي‌شده است.
اگرچه در ممالك اسلامي، موسسه متمركزي مثل كليساي مسيحي شكل گرفته بود و اموال
وقف شده بدين ترتيب در دست موسسات مذهبي قرار داشت، اما ديوان موقوفات هم بر اين اموال نظارت مي‌كرده است. اين ديوان در زمان سامانيان و در دولت هلاكوئيان نيز وجود داشته است.
وقف در زمان صفويه طبق كتب تاريخي، سياحت‌نامه‌ها و نوشته‌هايي كه در مورد دوران صفويه وجود دارد، شايد در هيچ دوره‌اي از تاريخ شاهد موقوفاتي به وسعت موقوفات اين مقطع از تاريخ نبوده‌ايم. حتي خود شاهان صفويه در رأس كساني بودند كه اموال خود را
وقف مي‌كردند، طوري كه بسياري از املاك خود را
وقف اهداف خيريه، به خصوص
وقف بقاي متبركه شيعه و از همه بيشتر آستانه
امام رضا(ع) در
مشهد و خواهرش حضرت معصومه(س) در قم كردند. بعضي از اين املاك وقفي، موقوفاتي بود كه به خاندان صفويه پيش از آن كه در ايران به سلطنت برسند، تعلق داشت.
شايد بتوان گفت كه در زمان شاه عباس اول، بيش از هر دوره ديگري به املاك موقوفه اضافه شد. در سال 1015 يا 1016 هجري، شاه عباس اول تصميم گرفت كه همه املاك و رقبات بدست آورده خودش را كه قيمت آنها بيش از يكصد هزار تومان شاهي عراقي بود، و بناها و ساختمان‌هاي گوناگوني كه در اصفهان و اطراف آن داشت، وقف 14 معصوم(ع) كند. او سرپرستي آنها را به خود و پس از خود به حاكم زمان اختصاص داد و طبق وقفنامه‌اي كه شيخ بهاء الدين آن را تنظيم كرد، قرار شد كه درآمد اوقاف پس از مشخص كردن حق التوليه براساس نظر و اختيار سرپرست و متولي و بنا به شرايط زمان صرف شود.
گذشته از خاندان سلطنتي، به تقليد از همين نيت شاه، يكي از اميران به نام گنجعلي خان زيك، حاكم مقتدر كرمان ـ كه از 1005 تا 1023 در نواحي جنوب شرقي و شرق ايران حاكم بوده است ـ املاك و خانه‌ها و تمام آنچه را داشت
وقف كرد كه آنها هنوز هم باقي هستند.
وضع موقوفات در زمان افشاريه زماني كه نادرشاه در سال 1419 هجري تخت و تاج را پذيرفت، اعلام كرد كه مذهب سنت، جانشين مذهب شيعه ـ كه در زمان صفويه مذهب رسمي مردم ايران بود ـ شد. او در آخرين سال حكومتش طي صدور دستوري، بسياري از اوقاف را از مردم گرفت و آنها را به اضافه املاك شخصي خود در دفاتر ثبت اراضي كه پس از آن به رقبات نادري معروف شد، وارد كرد.
البته نادر قبل از آنكه بتواند كاملاً فرمان خود را درباره اوقاف اجرا كند، كشته شد و جانشينش، عليقلي عادل شاه فرمان او را لغو كرد و بعضي از املاك غصب شده را به مردم پس داد.
وضع موقوفات از انقراض افشاريه تا مشروطيت
آنطور كه مشخص است وضع اوقاف و موقوفات از زمان انقراض صفويه به بعد افول كرد، زيرا همان طور كه اشاره شد، نادرشاه با اصرار بر اين ادعاي خود كه حقوق قشونش بيشتر از علماي شيعه است، دستور غصب موقوفات را داد. اخبار موجود از مال قاجاريه هم، حكايت از حيف و ميل كردن اموال وقفي به دست عده‌اي از صاحبان قدرت را مي‌كند.
اينطور شد كه اوقاف بعد از زمان صفويه، با دستور نادرشاه حرمت خودش را از دست داد. او دانه‌اي را كاشت كه ثمره تلخش، از بين رفتن زشتي عمل موقوفه خواري تا قرنها بعد از خودش بود. انجام چنين عملي بدون ترديد در روحيه مؤمنين و مردم اثرات بدي گذاشت و توجه مردم را به
وقف كم كرده، به همين دليل وضع موقوفات تا انقراض سلسله قاجاريه، هيچ وقت سر و سامان نگرفت.
تشكيلات اوقاف از مشروطيت تا پيروزي انقلاب اسلامي چهار سال بعد از برقراري مشروطيت در ايران، يعني در سال 1328 ه . ق برابر با 1289 ه . ش وزارت معارف و اوقاف تصويب شد و مسئولان ادارات معارف در شهرستانها موظف به انجام امور مربوط به اوقاف نيز بودند. سپس در سال 1313 ه . ش قانون اوقاف مشتمل بر 10 ماده تصويب شد، در دوره دوازدهم مجلس، يعني در سال 1320، قانون فروش املاك موقوفه تصويب و سپس لغو شد، از اين به بعد تغييرات عمده‌اي در امور مربوط به اوقاف صورت نگرفت، غير اينكه در سال 1328 در شهرستانها نيز امور مربوط به
وقف جدا از مسؤول فرهنگ معين شد تا اين كه در جريان اصلاحات ارضي، زمينهاي زراعي
وقف شد و مورد نظر نيز واقع شد و اوقاف عامه بعد از اوقاف خاصه مشمول قانون شد.
