سر انجام مامون تصمیم به قتل امام گرفت، زیرا دریافته بود که به هیچ روی نمی تواند امام را آلت دست خویش قرار دهد، و عظمت امام و توجه جامعه نسبت به آن گرامی نیز روز افزون بود، و با تمام کوششهای مامون که مایل بود بر شخصیت اجتماعی امام لطمه یی وارد سازد، شخصیت و احترام امام روزاروز اوج بیشتری می گرفت، و مامون می دانست هر چه وقت بگذرد حقانیت امام و تزویر مامون بر ملاتر می شود، و از سوی دیگر عباسیان و طرفداران آنان از عمل مامون در واگذاری ولیعهدی خود به امام، ناراضی بودند و حتی به عنوان مخالفت در بغداد با «ابراهیم بن مهدی عباسی» بیعت کردند، و بدین ترتیب حکومت مامون از جهات مختلف در خطر قرار گرفته بود، لذا پنهانی در صدد نابودی امام بر آمد و او را مسموم ساخت تا هم از امام خلاصی یابد و هم بنی عباس و طرفدارانشان را به سوی خود جلب کند، و پس از شهادت آن گرامی به بنی عباس نوشت:
شما انتقاد می کردید که چرا مقام ولایتعهدی را به علی بن موسی الرضا واگذاشته ام، آگاه باشید که او درگذشت،
پس به اطاعت من در آیید»
«ابا صلت هروی» که از یاران نزدیک امام رضا علیه السلام است، گفتاری دارد که چگونگی امور فیما بین مامون و امام، و سر انجام قتل آن گرامی را برای ما بازگو می کند:
«احمد بن علی انصاری» می گوید از «ابا صلت» پرسیدم:
چگونه مامون با آنکه به احترام و دوستداری امام تظاهر می کرد و او را ولیعهد خود ساخت، ممکن است به قتل او اقدام کرده باشد؟
«ابا صلت» گفت:مامون چون عظمت و بزرگواری امام را دیده بود اظهار احترام و دوستی می کرد، و او را ولیعهد خود نمود تا به مردم وانمود کند که امام دنیا دوست است، و در چشم مردم سقوط کند، اما چون دید بر زهد و تقوای امام لطمه یی وارد نیامد و مردم از امام چیزی بر خلاف قدس و تقوی ندیدند، و بهمین جهت مقام و فضیلت امام نزد مردم روزافزون شد، مامون از متکلمان شهرهای مختلف افرادی را گرد آورد به امید آنکه یکی از آنان در بحث علمی بر امام غلبه کند و مقام
علمی امام نزد دانشمندان شکست بخورد، و آنگاه بوسیله ی آنان نقض امام نزد عامه ی مردم مشهور شود، اما هیچکس از یهودیان و مسیحیان و آتش پرستان و صائبین و برهمنان و ملحدان و دهری مذهبان و نیز هیچ جدل کننده یی از فرقه های مسلمانان با امام سخن نگفت مگر آنکه امام بر او پیروز شد و او را به استدلال خویش معترف ساخت، و چون چنین شد مردم می گفتند: «به خدا سوگند امام برای خلافت اولی و شایسته تر از مامون است» و ماموران مامون این خبرها را برای او بازگو می کردند، و او سخت خشمگین می شد و آتش حسدش زبانه می کشید. و نیز امام علیه السلام از گفتن حق در برابر مامون پروا نداشت، و در بسیاری مواقع چیزهایی که ناخوشایند مامون بود می فرمود، و این نیز موجب شدت خشم مامون و کینه ی او نسبت به امام می شد، و سر انجام چون از حیله های گوناگون خود علیه امام نتیجه نگرفت پنهانی امام را مسموم ساخت»
و نیز «ابا صلت» که خود همراه امام بوده، و در دفن امام نیز شرکت داشته است می گوید در راه بازگشت از مرو به بغداد در طوس مامون امام را با انگور مسموم به قتل رساند.
پیکر پاک امام، در همان بقعه یی که هارون قبلا مدفون شده بود، در جلوی قبر هارون بخاک سپرده شد. واقعه ی شهادت امام رضا علیه السلام در روز آخر ماه صفر سال 203
هجری بود و در این هنگام امام پنجاه و پنجسال داشت...
درود خدا و پیامبران و پاکان و نیکان بر روح مقدس آن بزرگوار.
باری، سکوت و تحریف تواریخ موجب آن شده که ابعاد جنایات برخی ستمگران و از آن جمله مامون عباسی برای آیندگان بدرستی آشکار نباشد، مامون با رذیلت و حیله گری نه تنها امام علیه السلام را سر انجام مسموم و مقتول ساخت، بلکه بسیاری از وابستگان امام و علویان بزرگوار و شیعیان وفادار به امام را نیز یا نابود کرد یا آواره ی شهرها و دشتها و کوهها نمود، و چنان عرصه را بر آنان تنگ ساخت که آن گرامیان پنهان و گمنام هر یک بگوشه یی فراری شدند، و سر انجام برخی شربت شهادت نوشیدند و برخی نیز گمنام زیستند و مردند، و از تاریخ زندگی بسیاری از آنان هیچ خبری در دست نیست و برخی خبرهای پراکنده نیز توسط شیعیان ضبط و محفوظ مانده است...