با کودتای 28 مرداد 1332 ه. ش بار دیگر محمدرضا شاه به قدرت رسید. سقوط دولت ملی صرفاً به معنای شکست سیاست ملی کردن صنعت نفت نبود. بلکه فاجعه ای تاریخی برای سرنوشت ملت ایران بود. این شکست موجب شد تا مردم ایران امیدشان را برای آزادی و استقلال از بیگانه، از دست بدهند و راه برای ظهور مجدد استبداد در مخرب ترین و مخوف ترین شکلی که ایران تجربه کرده است باز شد(104). با روی کار آمدن شاه و دولت کودتا، همه دستاوردهای سیاسی در نهضت ملی یک شبه نابود شد و تمام دست اندرکاران نهضت، محاکمه، تبعید و یا اعدام شدند. روابط سیاسی آیت الله بروجردی و دولت که در طول نهضت ملی حسنه بود، از سال 1334 ه. ش به بعد رو به سردی و تیرگی نهاد. دلیل عمده آن بی تفاوتی رژیم در برابر تظاهرات مخالفت آمیز مردمی بود که در تابستان همان سال علیه بهاییان به راه افتاد.
شاه که از کودتا پایه های سلطنت خود را مستحکم می دید؛ دیگر نیازی به نزدیکی به آیت الله بروجردی و دلجویی از ایشان نداشت. با این همه آیت الله بروجردی که به مدت 15 سال (1340 - 1324) مرجعیت مطلق شیعه را در اختیار داشت، یکی از بی علاقه گان به سلطنت پهلوی به حساب می آمد و در قبال پاره ای از اقدامات دولت از جمله اصلاحات ارضی(105) نیز مخالفت می وزید.
با رحلت آیت الله بروجردی در فروردین 1340، مرجعیت مطلق از میان رفت و هیچ یک از مراجع شرایط احراز آن را به تنهایی نداشتند. شاه نیز که اصلاحات مورد نظر امریکا را تا زمان حیات آیت الله بروجردی به تعویق انداخته بود، بلافاصله پس از رحلت ایشان، با انتصاب علی امینی به نخست وزیری (اردیبهشت ماه 1340) در صدد اجرای آن ها بر آمد. وی برای آسوده شدن از مخالفت های احتمالی علمای قم علیه اصلاحاتش، در صدد برآمد تا پایگاه مرجعیت را از قم به نجف اشرف منتقل کند. از این رو پیام تسلیت رحلت آیت الله بروجردی را به آیت الله سید محسن حکیم، مجتهد شیعی عراقی ارسال کرد.(106) روحانیان مبارز این اقدام شاه را بی اعتنایی به مراجع قم و قدم اول در راه تضعیف روحانیت ایران تلقی کردند. هرچند شاه در چنین هدفی ناکامی ماند اما علاقه مند بود تا این مقام در مراجع قم متمرکز نگردد و پراکندگی و تشتت مرجعیت از نگرانی های او بکاهد. در درجه بعد واکنش های متعددی نیز در حوزه علمیه قم در قبال مساله مرجعیت به وقوع پیوست. نگرانی از آینده زعامت حوزه سبب شد تا مرحوم بهبهانی بزرگ از تمام عالمانی که در مظان مرجعیت بودند دعوت کند تا در نشست اضطراری درباره سرنوشت حوزه تصمیم مشترکی اتخاذ کنند. از این جلسه به بعد بود که به تدریج امام خمینی در کنار عالمانی هم چون آیات عظام گلپایگانی و نجفی مرعشی مرجعیت تقلید را بر عهده گرفت.