در فاصله میان فاجعه مدرسه فیضیه و ماه محرم - 2فروردین تا 4 خرداد 1342 - مبارزه امام اغلب در قالب صدور اعلامیه های متعدد بود. فرا رسیدن ماه محرم وضعیت را به یک رویارویی گسترده کشانید. ایام محرم بهترین موقع برای افشای جنایات و برنامه های ضد اسلامی شاه بود. ساواک که از جایگاه ویژه این ماه اطلاع داشت، پیش از آغاز آن، بسیاری از وعاظ را احضار و آنان را ملزم کرد که در محافل و مجالس:
1.علیه شاه سخن نگوئید.
2.علیه اسرائیل مطلبی گفته نشود.
3.مرتب به مردم نگوئید که اسلام در خطر است.
امام خمینی (رحمه الله علیه) در نشستی با مراجع و علمای قم، پیشنهاد کرد در روز عاشورا هر یک از آن ها برای مردم و عزاداران حسینی سخنرانی کرده و از مظالم و جنایات رژیم پرده بردارند. امام خود نیز علی رغم تهدید رژیم، در ساعت 4 بعد از ظهر عاشورای 42 که مصادف با 13 خرداد آن سال بود برای ایراد سخنرانی به طرف مدرسه فیضیه رهسپار شد. ایشان پس از بیان فجایح دل خراش کربلا، حمله دژخیمان شاه به فیضیه را به واقعه کربلا تشبیه نمود و آن فاجعه را به تحریک اسرائیل دانست و رژیم شاه را دست نشانده اسرائیل خواند:
اسرائیل نمی خواهد در این مملکت علمای اسلام باشند، اسرائیل نمی خواهد در این مملکت احکام اسلام باشد... اسرائیل به دست عمال سیاه خود مدرسه فیضیه را کوبید، ما را می کوبد، شما ملت را می کوبد... برای این که اسرائیل به منافع خود برسد دولت ایران به تبعیت از اغراض و نقشه های اسرائیل به ما اهانت کرده و می کند(130).
سپس با اشاره به التزام گرفتن ساواک از وعاظ که به شاه و اسرائیل بدگویی نکرده و نگوئید که اسلام در خطر است اظهار داشت:
تمام گرفتاری ها و اختلافات ما در همین سه موضوع نهفته است... اگر ما نگوئیم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوئیم شاه چنین و چنان است آیا آن طور نیست؟ اگر ما نگوئیم اسرائیل برای اسلام و مسلمین خطرناک است آیا خطرناک نیست؟ و اصولاً چه ارتباطی و تناسبی بین شاه و اسرائیل است که سازمان امنیت می گوید از شاه صحبت نکنید، از اسرائیل صحبت نکنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت شاه اسرائیلی است(131)؟.
سخنان کوبنده و افشاگرانه امام، شاه را بیش از پیش نزد منزل نزد مردم تحقیر و رسوا کرد. دو روز پس از این سخنرانی، در سحرگاه روز 15 خرداد 1342 امام به دستور شاه در منزل مسکونی خود در قم دستگیر و بلافاصله به تهران آورده شد. وی را نخست در سلول انفرادی، زندانی و سپس به یک پادگان نظامی که تحت مراقبت کامل بود منتقل نمودند.
به دنبال انتشار خبر بازداشت امام، از نخستین ساعات روز 15 خرداد، اعتراضات گسترده ای در قم، تهران، ورامین، مشهد و شیراز برگزار شد که با شعارهایی بر ضد شاه و در طرفداری از امام همراه بود. ماموران نظامی که در نقاط مرکزی و حساس شهرهای قم و تهران مستقر بودند به روی تظاهر کنندگان آتش گشودند. مردم نیز با چوب و سنگ به دفاع از خود برخاستند. تظاهرات در آن روز و دو روز بعد نیز ادامه یافت و هزاران نفر از مردم کشته و مجروح شدند(132). فجیع ترین حادثه، قتل عام دهقانان کفن پوش ورامینی بود که در پشتیبانی از امام راهی تهران شده بودند. ماموران نظامی در سر پل باقر آباد با آن ها روبرو شده و با سلاح های سنگین آن ها را قتل عام کردند.
پس از فرو نشستن قیام، اسد الله علم، نخست وزیر، در مصاحبه ای با روزنامه هرالدتریبون در روز 17 خرداد 42 تهدید کرد که امام و برخی دیگر از علما، محاکمه نظامی خواهند شد و ممکن است حکم اعدام آن ها صادر شود. شاه نیز دو روز بعد طی یک سخنرانی بیانات امام و تظاهرات مردم را به تحریک و پول بیگانگان - جمال عبدالناصر - دانست(133). در این راستا رسانه های رژیم ادعا کردند که شخصی به نام عبدالقیس از بیروت با هواپیما وارد فرودگاه مهر آباد شده و در گمرک مهر آباد حدود یک میلیون تومان پول از او به دست آمده و اعتراف کرده است که ناصر این پول ها را برای افراد معینی در ایران فرستاده است. این ادعا مورد انتقاد بسیاری در داخل و خارج از جمله خیلی از نشریات خارجی واقع شد و رژیم هیچ دلیل و سندی در این خصوص ارائه نکرد.
چند روز پس از دستگیری امام، دهها نفر از مراجع و علمای ایران، به عنوان اعتراض به دستگیری امام و اعلام پشتیبانی از وی، به تهران مهاجرت کردند. بر اثر اعتراض علما و فشار افکار عمومی، سرانجام امام پس از دو ماه بازداشت در پادگانی نظامی، به منزلی در شمال شهر تهران منتقل شد و تحت نظر قرار گرفت. از نخستین ساعات روز بعد مغازه داران تهران و شهرستان ها به مناسبت آزادی نسبی امام، بر سر در مغازه های خود پرچم نصب کرده و چراغانی نمودند و به مردم شیرینی و شکلات دادند.
یک روز پس از انتقال امام - 12 مرداد - روزنامه های کثیر الانتشار کشور، خبری را به دستور ساواک منتشر کردند تا در نظر مردم چنین وانمود کنند که انتقال امام از زندان به محل جدید به دلیل تفاهمی بوده که میان ایشان و مقامات انتظامی به وجود آمده است. این خبر چنین بود:
طبق اطلاع رسمی که از سازمان اطلاعات و امنیت کشور و اصل گردید چون بین مقامات انتظامی و حضرات آقایان خمینی، قمی و محلاتی تفاهمی حاصل شد که در امور سیاسی مداخله نخواهند کرد و از این تفاهم اطمینان کامل حاصل گردیده است که آقایان بر خلاف مصالح و انتظامات کشور عملی انجام نخواهند داد، لهذا آقایان به منازل خصوصی منتقل شدند(134).
خبر شایعه ای بیش نبود و امام بعداً پس از آزادی کامل و بازگشت به قم در اولین فرصت طی یک سخنرانی آن را به شدت تکذیب کرد.
شاه - که تصور می کرد با سرکوب قیام 15 خرداد، دستگیری امام، کوتاه آمدن برخی از علمای و از همه مهم تر شایعه تفاهم، امام را منزوی ساخته است - به تدریج عادی نشان دادن اوضاع حرکت کرد. از این رو اسدالله علم را در 17 اسفند 42 بر کنار ساخت تا وانمود کند او مسبب حوادث اخیر بوده و عزل وی به دنبال تفاهم با امام تحقق یافته است.
اسدالله علم را در 17 اسفند 42 عزل کرد تا وانمود کند که او مسبب حوادث اخیر بوده و عزل وی به دنبال تفاهم با امام صورت پذیرفته است.
پس از علم، حسنعلی منصور به نخست وزیری سید. او طی نطقی با تمجید از اسلام، از آن به عنوان یکی از مترقی ترین و برجسته ترین ادیان جهان یاد کرد و بر مراحم و عطوفت خاص شاه به مقامات روحانی تاکید نمود. دو روز پس از سخنان منصور، امام بدون اطلاع قبلی در شب 18 فروردین 1343 وارد قم شد و تدریج مورد استقبال مردم و علما قرار گرفت. در همان روز، روزنامه اطلاعات در مقاله ای تحت عنوان انقلاب سفید شاه و امریکا نوشت: چقدر جای خویش وقتی است که جامعه روحانیت نیز اکنون به همه مردم، همگام در اجرای برنامه های انقلاب شاه و مردم شده است.
امام خمینی در واکنش به این اتهام در 21 فروردین، طی سخنانی مطالب روزنامه اطلاعات را به شدت تکذیب نمود و اظهار داشت:
خمینی را اگر بزنند تفاهم نخواهد کرد... من از آن آخوندها نیستم که در این جا بنشینم و تسبیح به دست گیرم. من پاپ نیستم که فقط روزهای یکشنبه مراسمی انجام دهم و بقیه اوقات برای خود سلطانی باشم و به امور دیگر کاری نداشته باشم. پایگاه استقلال اسلامی این جاست باید این مملکت را از این گرفتاری ها نجات داد(135).
به طور کلی قیام 15 خرداد آثار عمده ای از خود برجای نهاد؛ نخست؛ رهبری حرکت های مخالف رژیم را به مذهبی ها منتقل کرد و ملی گرایان و چپی ها را به حاشیه راند. دوم این که کشتار مردم در قیام فوق، چهره مزورانه شاه را که تا آن زمان تقصیرها را به گردن نخست وزیران می انداخت افشا نمود و انقلابیان پس از آن به راههای اصلاح طلبانه پشت کرده، سرنگونی نظام سلطنتی را خواستار شدند.
سوم این که از آن پس طرد همه قدرت های بیگانه از ایران مورد توجه قرار گرفت و سرانجام، قیام 15 خرداد نقطه آغاز نهضت بازگشت به خویشتن در کشور شد. از آن پس انجمن های اسلامی در نقاط مختلف پدید آمدند و جو غیر اسلامی در دانشگاهها و دیگر مجامع به آرامی شکسته شد(136).