چنان چه پیش تر اشاره شد، امام در اولین کتاب خود - کشف اسرار - ضمن حمله شدید به سیاست های رضاشاه، به طرح اجمالی ولایت فقیه پرداخت. امام در این کتاب نهاد سلطنت را مشروط بر آن که شاه به وسیله مجمعی از مجتهدان واجد شرایط و پیروان فقه اسلامی انتخاب شود، فقط تا زمانی که امکان جای گزین کردن نظامی بهتر پدید آید. مجاز شناخته است(239) 35 سال بعد، خود او اعلام کرد که چنین امکانی فراهم آمده است.
دیگر عناصر اساسی اندیشه سیاسی حضرت امام را در کتاب ولایت فقیه یا حکومت اسلامی وی می توان یافت که در سال 1348 در قالب سلسله درس هایی در نجف ارائه شده است. هدف این کتاب، آن است که روشن سازد علما وارثان اقتدار سیاسی دوازده امام (علیه السلام) هستند.
به طور کلی، این کتاب را می توان در سه سطح زیر معرفی کرد:
1.سلطنت به طور اساسی و بنیادی محکوم است و حضرت پیامبر (ص) و امام حسین (علیه السلام) هر دو خواهان برچیده شدن نظام های سلطنتی روم و ساسانی و اموی بودند.
2.قوانین اسلام شامل همه دستورها و احکامی است که بشر برای سعادت و کمال خود نیاز دارد. این قوانین عادلانه است و از منافع مستضعفان در برابر قوانین ستمگران حمایت می کند. قوه مقننه و اختیار تشریع در اسلام تنها به خداوند متعال اختصاص دارد. از این جهت، حکومت اسلامی باید، به جای قانون گذاری، مجلسی برای اجرای احکام اسلامی داشته باشد. جامعه اسلامی، برای اجرای این قوانین و جلوگیری از انحراف ها، به وجود رسول اکرم (ص) و ائمه گرامی (علیه السلام) نیازمند است و پس از آن ها، این وظیفه فقیهان است که جانشین آن ها باشند.
3.اسلام به سبب مرام های انحرافی - که به وسیله قدرت های امپریالیستی در ایران تشویق می شود - در معرض خطر جدی است. علما وظیفه دارند اسلام را از انحراف ها پاک سازند و جنبه های سیاسی و اقتصادی پیام الهی قرآن را بر مردم عرضه کنند. اسلام باید، به خصوص به تحصیل کردگان و دانشگاهیان معرفی شود(240).